Ông sinh ra ở Medina vào năm 1958.[2] Ông nội của ông, Muhammad Khashoggi, người gốc Thổ Nhĩ Kỳ, đã kết hôn với một phụ nữ Ả Rập Xê Út và từng là bác sĩ riêng cho vua Abdulaziz Al Saud, người sáng lập vương quốc Ả Rập Xê Út.[8] Jamal Khashoggi cũng là cháu của Adnan Khashoggi - đại lý cung cấp vũ khí cấp cao của Ả Rập Xê Út trong những năm 1980, nổi tiếng với vai trò của mình trong vụ bê bối chính trị Iran-Contra, ước tính có tài sản khoảng 4 tỷ đô la. Ông cũng là anh em họ với Dodi Fayed - người có quan hệ tình cảm với Vương phi xứ Wales Diana vào thời điểm cả hai bị giết trong một vụ tai nạn xe hơi ở Paris. [9]

Ông theo học tiểu học và trung học ở Ả Rập Xê Út và có bằng cử nhân về quản trị kinh doanh từ Đại học bang Indiana ở Hoa Kỳ vào năm 1982.[2][10][11]